Музей расположен у полиса, основанного древними греками, который существовал до конца XIV в. Комплекс представляет собой в основном остатки византийских храмов, но есть и строения XIX и XX вв., такие как Херсонесский колокол, монастырский комплекс и Владимирский собор — храм, построенный в ознаменование 900-летия крещения Руси. В многочисленных залах выставлены наиболее интересные артефакты, найденные во время археологических раскопок.