Находится на западном берегу Балаклавской бухты, под горой Таврос, в штольнях бывшего подземного завода по ремонту и обслуживанию подводных лодок. Экспозицию военно-морского музейного комплекса составляют подземная часть завода, арсенал, морской причал и несколько зданий. Для посетителей открыты зоны вокруг искусственного канала, проходящего гору насквозь, несколько цехов завода и арсенал, где хранились торпеды и ядерные боеголовки.